Отличительной особенностью шаблонов MaxSite CMS является автоматическая генерация секции HEAD. Для этого используется функция mso_default_head_section(), которая вызывается в main.php.
Функция выполняет все необходимые подключения файлов, стилей и т.п. Для того, чтобы подключиться в секцию HEAD желательно использовать файл custom/head.php. В нем можно разместить свой произвольный код.
Если нужно подключиться перед css-стилями секции HEAD, то используйте custom/head-start.php.
Если стоит задача использовать свой вариант секции HEAD, то создайте файл custom/head-section.php.