Для того, чтобы избежать замен изменённых файлов, следует избегать совпадения имён с default-шаблоном. Вместо этого лучше использовать предусмотренные расширения.
Обратите внимание, что в шаблоне находятся заготовки файлов, которые начинаются с символа подчеркивания «_». Шаблон никак не использует эти файлы и они служат лишь заготовкой. Чтобы шаблон стал их использовать следует удалить ведущий «_». Это правило распространяется на все файлы шаблона.
Крайне желательно использовать файлы каталога custom. Это позволяет полностью отделить свои изменения от дефолтных. Да и так несколько удобней в плане редактирования: все изменения будут в одном месте.